:: Enseignements :: Master :: M1 :: 2007-2008 :: Informatique Génomique ::

Cours d'Informatique Génomique

Objectifs

Les objectifs de ce cours sont :

de comprendre les principaux concepts et problèmes du domaine de l'Algorithmique appliqués à la Biologie ;
d'évaluer l'importance de ces concepts à travers un ensemble d'applications pratiques ;
de discerner quels sont les problèmes ayant des solutions algorithmiques efficaces et ceux qui ne peuvent pas en avoir ;
pour certains problèmes que l'on ne peut pas résoudre efficacement, de comprendre comment les heuristiques tendent à donner des solutions, souvent de façon rapide mais approchée.

Supports de cours

Introduction à l'informatique génomique : diapos version 1x1 , et version 4x2
Alignements de deux séquences : diapos version 1x1 , et version 4x2
Alignements multiples de séquences : diapos version 1x1 , et version 4x2
Prédiction de structures d'ARN : diapos version 1x1 , et version 4x2
Phylogénie : diapos version 1x1 , et version 4x2
Réarrangements génomiques : diapos version 1x1 , et version 4x2

Pour chacun de ces points, le cours présentera le problème biologique et son importance, la formulation du problème d’un point de vue algorithmique, les solutions existantes et les applications tant biologiques qu’algorithmiques mises en place.

Aucune connaissance en biologie n'est, a priori, requise pour suivre ce cours. Son contenu est hautement algorithmique orienté vers des problèmes réels de biologie.

Références

Livres de référence
- M. Crochemore, C. Hancart et T. Lecroq, Algorithmique du texte, Vuibert, Paris, 2001, 347 pages.
- D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, New York, 1997, 534 pages.
- J. Setubal and J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Co., 1997, 296 pages.
Autres Livres
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological sequence analysis, Cambridge University Press, 1998, 356 pages.
- P. A. Pevzner, Computational Molecular Biology, The MIT Press, 2000, 314 pages.
- M.S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman & Hall, 1995, 431 pages.