Prédiction comparative de gènes
La prédiction comparative de gènes désigne
les méthodes de prédiction qui emploient
des comparaisons de plusieurs séquences génomiques.
Voici une liste des approches qui, à ma connaissance, ont été publiées au 6
janvier 2003 :
- GLASS et ROSETTA
[Batzoglou et al., 2000a, Batzoglou et al., 2000b]
qui réalisent respectivement l'alignement et la prédiction.
- CEM [Bafna and Huson, 2000]
est le seul programme de cette liste qui ne soit pas disponible publiquement.
- WABA
[Kent and Zahler, 2000]
s'appuie sur des conservations exactes aux deux premières positions de codons,
ces codons étant regroupés par fragments de huit bases.
Il utilise ensuite un
modèle de Markov caché pour distinguer les régions codantes des
régions non codantes, sans s'intéresser explicitement ni aux jonctions
introns/exons, ni aux débuts et fins de gènes.
- SGP-1
*
[Wiehe et al., 2001] et
SGP-2 [Parra et al., 2003]
- TWINSCAN
[Korf et al., 2001]
combine les résultats d'alignements locaux avec ceux du logiciel de prédiction
ab initio
Genscan.
Il ne réalise une prédiction que pour une seule séquence génomique.
- Pro-Gen
*
[Novichkov et al., 2001]
- AGenDA
[Rinner and Morgenstern, 2002, Morgenstern et al., 2002, Taher et al., 2003]
- DoubleScan
[Meyer and Durbin, 2002] est accessible via un
site qui accepte
des séquences dans une
variante
du format fasta.
- Utopia [Blayo et al., 2003]
- EvoGene [Pedersen and Hein, 2003]
À l'exception de TWINSCAN, tous ces programmes utilisent les conservations de
deux séquences génomiques.
Le format GFF est utilisé
notamment par SGP et EvoGene.
*
L'article renvoie vers une adresse qui n'est plus valide.
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