Cocoon utilise la notion de ‘pipelines’ de composant, chaque composant de la chaîne étant spécialisé dans une opération particulière. Cette architecture permet d’utiliser une technique de type Lego™ pour construire des applications Web en assemblant les différents composants en pipelines sans aucune programmation.
L'assemblage des éléments standard (les composants) permet d'obtenir un système complet.

Un pipeline "minimal" doit contenir au minimum 3 composants qui sont :
     un Matcher qui permet d'associer une URL a un pipeline.
     un Generator qui créé un flux XML comme entrée du pipeline
     un Serializer qui converti la structure XML pour l'affichage final

Un pipeline "normal" ajoute une étape de transformation du flux XML entre la lecture par le Generator et la restitution par le Serializer. Ce travail est effectué par un autre composant :
     un Transformer qui permet de modifier les données XML.
On peut ainsi par exemple appliquer une feuille de style à un document avant sont rendu final.