Guillaume Blin

Chapitres d'ouvrages scientifiques

2011

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Guillaume Blin, Maxime Crochemore, Stéphane Vialette. Algorithmic Aspects of Arc-Annotated Sequences. Elloumi Mourad, Zomaya Albert Y.. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp. 113-126, Feb. 2011

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Articles dans des revues avec comité de lecture

2012

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Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Stéphane Vialette. A faster algorithm for finding minimum Tucker submatrices. Theory of Computing Systems, 2012, ? (?), 10 pp.

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Guillaume Blin, Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Florian Sikora. On the Parameterized Complexity of the Repetition Free Longest Common Subsequence Problem. Information Processing Letters, 2012, ? (?), 9 pp.

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David Célestin Faye, Olivier Curé, Guillaume Blin. A survey of RDF storage approaches. Revue Africaine de la Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2012, 15 (1), pp. 25

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2011

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Guillaume Blin, Maxime Crochemore, Sylvie Hamel, Stéphane Vialette. Median of an odd number of permutations. Pure Mathematics and Applications, 2011, 21 (2), pp. 161 - 175

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Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Florian Sikora, Stéphane Vialette. Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants. International Journal of Foundations of Computer Science, 2011, ? (?), pp.17

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2010

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Guillaume Blin, Florian Sikora, Stéphane Vialette. Querying Graphs in Protein-Protein Interactions Networks using Feedback Vertex Set. IEEE/ACM IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (4), pp. 628-635

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Guillaume Blin, David Célestin Faye, Jens Stoye. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp. 1183-1194

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Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Hélène Touzet. Alignments of RNA structures.. IEEE/ACM IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (2), pp. 309-322. <http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2008.28>

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2008

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Danny Hermelin, Stéphane Vialette. Fixed-Parameter Algorithms For Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints. Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (4), pp. 618-626

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2007

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Stéphane Vialette. Extracting Constrained 2-Interval Subsets in 2-Interval Sets. Theoretical Computer Science, 2007, 385 (1-3), pp. 241-263

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Guillaume Blin, Cedric Chauve, Guillaume Fertin, Romeo Rizzi, Stéphane Vialette. Comparing Genomes with Duplications: a Computational Complexity Point of View. ACM/IEEE Trans. Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4 (4), pp. 523-534

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Guillaume Blin, Eric Blais, Danny Hermelin, Pierre Guillon, Mathieu Blanchette, Nadia El-Mabrouk. Gene Maps Linearization using Genomic Rearrangement Distances. Journal of Computational Biology, 2007, 14 (4), pp. 394-407

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2005

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Romeo Rizzi, Stéphane Vialette. What makes the Arc-Preserving Subsequence problem hard ?. LNCS Transactions on Computational Systems Biology, 2005, 2, pp. 1-36

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Communications avec actes

2012

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Guillaume Blin, Laurent Bulteau, Minghui Jiang, Tejada Pedro J., Stéphane Vialette. Hardness of longest common subsequence for sequences with bounded run-lengths. Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'12), Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer-Verlag, 11 pp, Lecture Notes in Computer Science

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Xiao Yang, Florian Sikora, Guillaume Blin, Sylvie Hamel, Roméo Rizzi, Srinivas Aluru. An Algorithmic View on Multi-related-segments: a new unifying model for approximate common interval. Manindra Agrawal, S. Barry Cooper, and Angsheng Li. 9th annual conference on Theory and Applications of Models of Computation (TAMC), May 2012, Beijing, China. Springer-Verlag, 7287, 10pp., LNCS

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Guillaume Blin, Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Romeo Rizzi, Florian Sikora. Complexity Insights of the Minimum Duplication Problem. 38th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM 2012), Jan 2012, Špindleruv Mlýn, Czech Republic. 19pp.

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2011

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Hafedh Mohamed-Babou, Irena Rusu, Florian Sikora, Stéphane Vialette. Algorithmic Aspects of Heterogeneous Biological Networks Comparison. 5th International Conference on Combinatorial Optimization and Applications (COCOA 2011), 2011, Zhangjiajie, China. Springer, LNCS, pp. 272-286, Lecture Notes in Computer Science

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Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Florian Sikora, Stéphane Vialette. Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants. Potanin Alex and Viglas Taso. 17th Computing: the Australasian Theory Symposium (CATS'11), Jan 2011, Perth, Australia. ACS, 119, pp. 23-30, CRPIT

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Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Stéphane Vialette. A Polynomial-Time Algorithm for Finding Minimal Conflicting Sets. 6th International Computer Science Symposium in Russia (CSR'11), 2011, St Petersbourg, Russian Federation. 6651, pp. 373-384, Lecture Notes in Computer Science

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2010

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Guillaume Blin, Florian Sikora, Stéphane Vialette. GraMoFoNe: a Cytoscape plugin for querying motifs without topology in Protein-Protein Interactions networks. Hisham Al-Mubaid. Bioinformatics and Computational Biology (BICoB'10), Mar 2010, Honolulu, United States. pp. 38–43, International Society for Computers and their Applications (ISCA)

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Guillaume Blin, Sylvie Hamel, Stéphane Vialette. Comparing RNA structures with biologically relevant operations cannot be done without strong combinatorial restrictions. Rahman Md. S. and Fujita S.. 4th Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM'10), Feb 2010, Dhaka, Bangladesh, Bangladesh. Springer-Verlag, 5942, pp. 149-160, Lecture Notes in Computer Science

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Olivier Curé, David Célestin Faye, Guillaume Blin. Towards a better insight of RDF triples Ontology-guided Storage system abilities. 6th International Workshop on Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems (SSWS'10), 2010, Shanghai, China. 10pp.

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Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Stéphane Vialette. A faster algorithm for finding minimum Tucker submatrices. 6th Computability in Europe (CiE'10), 2010, Portugal. Springer, 6158, pp. 69-77, Lecture Notes in Computer Science

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2009

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Florian Sikora, Stéphane Vialette. The Exemplar Breakpoint Distance for non-trivial genomes cannot be approximated. Das S. and Uehara R. Proc. 3rd Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM 2009), 2009, Kolkata, India. Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science (LNCS), pp. 357-368, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)

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Guillaume Blin, Jens Stoye. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Ciccarelli Francesca D. and Miklós István. 7th RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'09), Sep 2009, Budapest, Hungary. Springer-Verlag, 5817, pp. 59-69, Lecture Notes in Bioinformatics

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Guillaume Blin, Florian Sikora, Stéphane Vialette. Querying Protein-Protein Interaction Networks. Mandoiu Ion and Narasimhan Giri and Zhang Yanqing. 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA'09), May 2009, Fort Lauderdale, United States. Springer-Verlag, 5542, pp. 52-62, LNBI

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2007

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Gaël Herry, Stéphane Vialette. Comparing RNA Structures: Towards an Intermediate Model Between the EDIT and the LAPCS Problems. Sagot Marie-France and Telles Walter Maria Emilia. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2007), Aug 2007, Angra dos Reis, Brazil. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI), pp. 101-112, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Irena Rusu, Christine Sinoquet. Extending the Hardness of RNA Secondary Structure Comparison. Chen Bo and Paterson Mike and Zhang Guochuan. 1st International Symposium on Combinatorics, Algorithms, Probabilistic and Experimental Methodologies (ESCAPE 2007), Apr 2007, Hangzhou, China. Springer-Verlag, 4614, pp. 140-151, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)

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2006

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Guillaume Blin, Eric Blais, Pierre Guillon, Mathieu Blanchette, Nadia El-Mabrouk. Inferring Gene Orders from Gene Maps using the Breakpoint Distance. Bourque Guillaume and El-Mabrouk Nadia. 4th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06), Sep 2006, Montréal, Canada. Springer-Verlag, 4205, pp. 99-112, LNBI

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Guillaume Blin, Annie Chateau, Cedric Chauve, Yannick Gingras. Inferring Positional Homologs with Common Intervals of Sequences. Bourque Guillaume and El-Mabrouk Nadia. 4th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06), Sep 2006, Montreal, Canada. Springer-Verlag, 4205, pp. 24-38, LNBI

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Guillaume Blin, Helene Touzet. How to compare arc-annotated sequences: The alignment hierarchy. Crestani Fabio and Ferragina Paolo and Sanderson Mark. 13th String Processing and Information Retrieval, Oct 2006, Glasgow, United Kingdom. Springer Verlag, 4209, pp. 291-303, Lecture Notes in Computer Sciences

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2005

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Guillaume Blin, Roméo Rizzi. Conserved Interval Distance Computation Between Non-trivial Genomes. Wang Lusheng. 11th Annual International Conference Computing and Combinatorics (COCOON'05), Aug 2005, Kunming, China, China. Springer-Verlag, 3595, pp. 22-31, LNCS

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Romeo Rizzi, Stéphane Vialette. What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?. S. Sunderam Vaidy and van Albada G. Dick and M. A. Sloot Peter and Dongarra Jack. 5th Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA'05), May 2005, Atlanta, GA, USA, United States. Springer-Verlag, 3515, pp. 860-868, LNCS

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Guillaume Blin, Cedric Chauve, Guillaume Fertin. Genes Order and Phylogenetic Reconstruction: Application to $\gamma$-Proteobacteria. McLysaght Aoife and H. Huson Daniel. 3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'05), Sep 2005, Dublin, Ireland, Ireland. Springer-Verlag, 3678, pp. 11-20, LNCS

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Danny Hermelin, Stéphane Vialette. Fixed-Parameter Algorithms for Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints. Kratsch Dieter. 31st International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG'05), Jun 2005, Metz, France, France. Springer-Verlag, 3787, pp. 271-282, LNCS

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2004

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Roméo Rizzi, Stéphane Vialette. Pattern Matching in Arc-Annotated Sequences: New Results for the APS Problem. 5th Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'04), 2004, Montréal, Quebec, Canada. IEEE Computer Society, 12 pp.

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Cedric Chauve. The breakpoint distance for signed sequences. 1st Conference on Algorithms and Computational Methods for biochemical and Evolutionary Networks (CompBioNets'04), Dec 2004, Recife, Brazil, Brazil. King's College London publications, 3, pp. 3-16, Texts in Algorithms

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Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Stéphane Vialette. New Results for the 2-Interval Pattern Problem. Sahinalp Suleyman Cenk and Muthukrishnan S. and Dogrusoz Ugur. 15th Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'04), Jul 2004, Istanbul, Turkey, Turkey. Springer-Verlag, 3109, pp. 311-322, LNCS

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Thèses

2005

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Guillaume Blin. Combinatoire and Bio-informatique : Comparaison de structures d'ARN et calcul de distances intergénomiques. Université de Nantes, Nov. 2005. French

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Communications sans actes

2009

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Guillaume Blin, Maxime Crochemore, Sylvie Hamel, Stéphane Vialette. Finding the median of three permutations under the Kendall-tau distance. 7th annual international conference on Permutation Patterns, Jul 2009, Firenze, Italy.

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Preprint, Working Paper, Document sans référence, etc.

2008

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Guillaume Blin, Sylvie Hamel, Stéphane Vialette. Comparing RNA structures using a full set of biologically relevant edit operations is intractable. Dec. 2008. 7 pages

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