Après extraction

L'extraction se termine par la création d'un fichier contenant l'ensemble des modèles respectant les critères requis, ainsi que le nombre de séquences dans lesquelles ils apparaissent (couverture en séquences) et le nombre d'occurrences qu'ils possèdent dans l'ensemble des séquences (couverture en occurrences). Optionnellement, la liste des positions et séquences de chacune des occurrences du modèle est également affichée.

Dans le cas de modèles structurés, le symbole $'\_'$ exprime le saut entre deux blocs, et chaque occurrence éventuellement affichée est suivie des intervalles de saut entre chacun de ses blocs.

Les modèles apparaissent dans leur ordre d'obtention, c'est-à-dire l'ordre lexicographique. À titre d'exemple, l'extraction d'un modèle composé de deux boîtes séparées par un spacer de longueur $[12;16]$ donne, avec l'affichage des occurrences, la sortie suivante :

AGAACT_AAAAC    2
Seq  21     Pos  715     13
Seq 143     Pos 2012     14
Seq  21     Pos   78     16
3

AGACAC_CGATAA   2
Seq 107     Pos  883     12
Seq  66     Pos   43     12
2
...

Dans cet exemple, le modèle AGAACT_AAAAC apparaît dans deux séquences, et possède trois occurrences. La première occurrence de ce modèle se trouve dans la séquence 21, à la position 715, et ses deux boîtes sont séparées par un spacer de longueur 13.

Si on utilise les deltas, l'extraction génère autant de fichiers de sortie qu'il y a de combinaisons d'intervalles possibles, afin de distinguer les modèles produits en fonction de l'intervalle pris en compte.