Exemples de critères d'extraction simples

Dans le cas de modèles simples, le fichier suivant réalise par exemple l'extraction de modèles de longueur comprise dans l'intervalle $[14;+\infty[$, avec au plus trois substitutions, apparaissant dans au moins 90% des séquences du fichier seq.fasta:

EXTRACTION (Step 1) =============================
FASTA file                      seq.fasta
Output file                     test.smile

GLOBAL PARAMETERS =============
Alphabet file                   dnabase.alphabet
Quorum                          90
Total min length                14
Total max length                0
Total substitutions             3
Boxes                           1

test.smile est le fichier où seront écrits les modèles extraits, et dnabase.alphabet est le fichier alphabet, du type de ceux décrits précédemment.

Le quorum indique le pourcentage minimum de séquences dans lesquelles les occurrences d'un modèle doivent apparaître.

La longueur maximum, fixée ici à 0, indique qu'on impose pas de limite à cette longueur.