PRÉSENTATION
SMILE est un outil d'inférence de motifs dans des jeux de séquences. À l'origine, il a été concu pour détecter des sites exceptionnels (sites de fixation ou de régulation de facteurs de transcription) dans des séquences d'ADN. L'intérêt de SMILE est de permettre l'inférence de motifs structurés séparés par des intervalles de distance contraints.

En particulier, SMILE permet de réunir sous un même modèle des occurrences constituées de plusieurs boîtes séparées par des spacers de longueurs différentes.

Depuis la version 1.4, SMILE gère des séquences écrites sur n'importe quel alphabet et recherche des modèles sur un alphabet également quelconque. On peut donc utiliser SMILE pour inférer des motifs protéiques, par exemple.

Vous trouverez des détails algorithmiques sur SMILE dans nos publications  et dans ma thèse.
 
 

DOWNLOAD
SMILE est écrit en C sous Unix. Il existe un package Debian de SMILE, créé et maintenu par Steffen Möller (merci Steffen!). Pour l'utiliser, ajoutez la ligne

• les sources de la dernière version (1.47),
• la man page de SMILE.

Une version en ligne aux fonctionnalités réduites est actuellement disponible sur  Bioweb (Institut Pasteur) (merci à Catherine Letondal pour son aide).

UTILISER SMILE
SMILE impose certaines connaissances des motifs à inférer, qu'on communique au programme via un fichier de paramètres. Son fonctionnement nécessite un apprentissage afin de pouvoir exploiter pleinement ses possibilités. Contrairement à d'autres outils, SMILE demande donc que son utilisateur, informaticien ou biologiste, comprenne certaines de ses caractéristiques algorithmiques. Afin d'aider les utilisateurs débutants à franchir cette étape, voici un tutorial  tiré de la thèse. Vous trouverez de plus des exemples commentés dans les packages de SMILE ou dans la man page.

NOUVEAU!
Une version améliorée de SMILE, plus puissante et rapide, a été développée par Alexandra M.Carvalho dans le cadre de son doctorat: RISO.

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