Équipe du GDR-ALP

Nom de l'équipe

Algorithmique des séquences


Nom du responsable

Thierry Lecroq (Université de Rouen)
Mél : Thierry.Lecroq@univ-rouen.fr


Thèmes scientifiques et objectifs

Le groupe de travail << Algorithmique des séquences >> se propose d'étudier les aspects aussi bien théoriques et combinatoires des suites de symboles que les aspects pratiques en particulier les applications en biologie moléculaire. On s'intéressera plus spécifiquement aux problèmes de recherche et d'extraction de motifs, d'indexation, de compression de données, de comparaison et d'alignement de séquences, de recherche dans des données compressées, de recherche de répétitions et d'analyse en moyenne des algorithmes, de statistiques et probabilités sur les séquences.


Taille de l'équipe

31 personnes dont 14 permanents universitaires, 5 CNRS, 4 INRIA et 8 docteurs + doctorants

Manifestations et mode de fonctionnement

La première rencontre du groupe de travail a eu lieu les 6 et 7 juin 2002 à Rouen : RoSA'02.
Une seconde rencontre a eu lieu en novembre 2004 à Lille.
Une prochaine rencontre aura lieu en novembre 2005 à Orsay.

Participation à d'autres programmes

Une grande partie des participants du groupe de travail a participé aux AS : du RTP 41 : Bioinformatique : de la séquence génomique à la fonction biologique du département STIC du CNRS.


Mots-clé

recherche de motif, extraction de motif, alignement de séquences, compression de données, analyse d'algorithmes


Cinq publications les plus marquantes des cinq dernières années

  • Julien Clément, Philippe Flajolet et Brigitte Vallée, The Analysis of Hybrid Trie Structures, Proceedings of the Ninth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Philadelphia, 1998, pp. 531-539, SIAM Press, 1998.
  • Maxime Crochemore, Christophe Hancart et Thierry Lecroq, Algorithmique du texte, Vuibert, 2001.
  • Roman Kolpakov et Grégory Kucherov, Finding maximal repetitions in a word in linear time, Proceeding of the Symposium on Foundations of Computer Science (FOCS), New-York, pp. 596-604, IEEE Computer Society, 1999.
  • Éric Rivals et S. Rahmann, Combinatorics of Periods in Strings, Proceedings of the 28th International Colloquium, on Automata, Languages and Programming (ICALP), Crete, Greece, F. Orejas, P. G. Spirakis and J. van Leeuwen editors, pp. 615-626, Lecture Notes in Computer Science 2076, Springer Verlag, 2001.
  • Laurent Marsan et Marie-France Sagot, Algorithms for extracting structured motifs using a suffix tree with application to promoter and regulatory site consensus identification, Journal of Computational Biology, 7, 2000, pp. 345-360.

Page web

http://www-igm.univ-mlv.fr/~lecroq/gdr-alp.html