Nom de l'équipe
Algorithmique des séquences
Nom du responsable
Thierry Lecroq (Université de Rouen)
Mél :
Thierry.Lecroq@univ-rouen.fr
Thèmes scientifiques et objectifs
Le groupe de travail << Algorithmique des séquences >>
se propose d'étudier les aspects aussi bien théoriques
et combinatoires des suites de symboles que les aspects pratiques en
particulier les applications en biologie moléculaire.
On s'intéressera plus spécifiquement aux problèmes
de recherche et d'extraction de motifs, d'indexation, de compression de
données, de comparaison et d'alignement de séquences, de
recherche dans des données compressées, de recherche de
répétitions et d'analyse en moyenne des algorithmes, de
statistiques et probabilités sur les séquences.
Taille de l'équipe
31 personnes dont 14 permanents universitaires, 5 CNRS, 4 INRIA et
8 docteurs + doctorants
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Université de Bordeaux I :
Serge Dulucq (Prof) ;
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Université de Caen :
Brigitte Vallée (DR CNRS) ;
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Université d'Évry :
Mathieu Raffinot (CR2 CNRS) ;
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INRIA Rhône-Alpes :
Marie-France Sagot (DR INRIA) ;
-
Université des Sciences et Technologies de Lille :
Hélène Touzet (MdC) ;
-
LORIA :
Roman Kolpakov (Chercheur invité, INRIA),
Grégory Kucherov (CR1 INRIA) et
Michaël Rusinowitch (DR2 INRIA) ;
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Université de Marne-la-Vallée :
Julien Allali (Doctorant),
Philippe Blayo (Docteur),
Julien Clément (CR CNRS) et
Maxime Crochemore (Prof),
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Université de Montpellier II :
Séverine Bérard (Docteur) et
Éric Rivals (CR2 CNRS) ;
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Université de Nantes :
Jérémie Bourdon (MdC),
Irena Rusu-Robini (Prof),
Alban Mancheron (Doctorant) et
Christophe Moan (Doctorant) ;
-
Université Denis Diderot Paris VII :
Chistian Choffrut (Prof) ;
-
École Polytechnique :
Pierre Nicodème (CR CNRS) ;
-
Université de Rouen :
Saïd Abdeddaïm (MdC),
Christian Charras (PRCE),
Jean-Pierre Duval (Prof),
Richard Groult (Docteur),
Christophe Hancart (MdC),
Thierry Lecroq (Prof),
Arnaud Lefebvre (MdC),
Martine Léonard (MdC),
Laurent Mouchard (MdC),
Johann Pelfrène (Docteur) et
Élise Prieur (Doctorante) ;
-
Université de Versailles - Saint-Quentin :
Laurent Marsan (MdC) ;
Manifestations et mode de fonctionnement
La première rencontre du groupe de travail a eu lieu
les 6 et 7 juin 2002 à Rouen :
RoSA'02.
Une seconde rencontre a eu lieu en novembre 2004 à
Lille.
Une prochaine rencontre aura lieu en novembre 2005 à
Orsay.
Participation à d'autres programmes
Une grande partie des participants du groupe de travail
a participé aux AS :
du
RTP 41 : Bioinformatique : de la séquence génomique à la fonction biologique
du département
STIC du
CNRS.
Mots-clé
recherche de motif, extraction de
motif, alignement de séquences, compression de données,
analyse d'algorithmes
Cinq publications les plus marquantes des cinq dernières
années
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Julien Clément, Philippe Flajolet et Brigitte Vallée,
The Analysis of Hybrid Trie Structures,
Proceedings of the Ninth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete
Algorithms, Philadelphia, 1998, pp. 531-539, SIAM Press, 1998.
-
Maxime Crochemore, Christophe Hancart et Thierry Lecroq,
Algorithmique du texte,
Vuibert, 2001.
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Roman Kolpakov et Grégory Kucherov,
Finding maximal repetitions in a word in linear time,
Proceeding of the Symposium on Foundations of Computer Science
(FOCS), New-York, pp. 596-604, IEEE Computer Society, 1999.
-
Éric Rivals et S. Rahmann,
Combinatorics of Periods in Strings,
Proceedings of the 28th International Colloquium, on Automata,
Languages and Programming (ICALP),
Crete, Greece,
F. Orejas, P. G. Spirakis and J. van Leeuwen editors,
pp. 615-626, Lecture Notes in Computer Science 2076,
Springer Verlag, 2001.
-
Laurent Marsan et Marie-France Sagot, Algorithms for extracting
structured motifs using a suffix tree with application to promoter
and regulatory site consensus identification,
Journal of Computational Biology, 7, 2000, pp. 345-360.
Page web
http://www-igm.univ-mlv.fr/~lecroq/gdr-alp.html
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