Contre un autre jeu de séquences

La seconde méthode employée est moins neutre que la première : il faut en effet disposer d'un autre jeu de séquences auquel le jeu original puisse se comparer. On utilisera par exemple un jeu de séquences dont on sait qu'elles ne contiennent pas le site de fixation qu'on suppose se trouver dans le jeu original.

Seul le test du $\chi^2$ peut être employé dans ce cas, puisqu'on ne peut calculer d'écart-type avec les seules couvertures relevées dans le second jeu de séquences.

Pour utiliser cette évaluation, il suffit d'ajouter dans le fichier de paramètres les lignes suivantes :

EVALUATION (Step 2) ============================
Against wrong sequences         contre.seq

Le fichier contre.seq est celui qui sera utilisé pour les comparaisons.

Cette méthode d'évaluation de la signification statistique est très rapide, puisqu'il suffit de rechercher les modèles obtenus lors de l'extraction dans le second jeu. Il faut cependant disposer d'un tel jeu de séquences, ce qui est rarement le cas.