Méthode d'évaluation statistique

Les étapes décrites précédemment permettent d'extraire d'un jeu de séquences les modèles respectant des critères structurels. Dans une démarche d'inférence de sites de fixation dont on suppose qu'ils possèdent certaines propriétés fonctionnelles, et donc un caractère exceptionnel vis-à-vis du reste de la séquence, il nous faut appliquer des critères de signification afin de tenter de distinguer ceux des modèles produits qui pourraient avoir une réelle fonction biologique.

Dans notre cas, cette étape d'évaluation vient en post-traitement des données extraites, et permet d'obtenir l'estimation d'une signification pour tous les modèles issus de l'extraction. On disposera ainsi d'une liste de modèles triés selon un score indiquant leur caractère exceptionnel.

SMILE permet à ce jour d'utiliser deux méthodes d'évaluation :

• le shuffling, qui consiste à mélanger les séquences originales en conservant leur composition, et à rechercher dans ces séquences si les modèles obtenus précédemment apparaissent avec la même fréquence;
• la comparaison avec les fréquences observées dans un autre jeu jeu de séquences, dans lequel on s'attend à ne pas trouver les mêmes modèles que dans les séquences originales.