Le traitement informatique des séquences moléculaires intervient pendant trois étapes de leur manipulation. Le premier traitement a lieu pendant leur lecture (séquençage), le second est concerné par le stockage des séquences, et le troisième constitue une aide à l'analyse des séquences. C'est ce dernier point qui constitue l'orientation de cet ensemble de cours.
Les questions abordées portent globalement sur les méthodes de mise en évidence de régularités dans les séquences, appelées les zones de dosDNA. Les méthodes s'appuient sur des études statistiques, des modélisations à l'aide de langages formels, et des techniques de traitement adaptées.