Étude statistique des gènes et langages définis par des automates stochastiques (Didier Arquès et C. Michel).

L'objectif de ce cours est double :

1. Montrer l'apport essentiel de l'informatique à l'étude des génomes du point de vue puissance de calcul, mais surtout du point de vue modélisation par des langages.
2. Étudier les relations entre ces modèles et les théories classiques de l'évolution.

Les principaux thèmes abordés seront :

• Introduction aux principales notions biologiques.
• Introduction aux principaux outils statistiques d'analyse de données (fonctions d'autocorrélation, analyse de données, spectre de puissance, ...) utilisés dans l'étude statistique des génomes.
• Recherche de motifs préférentiels et/ou de périodicités dans les gènes sur les alphabets des purines pyrimidines ou des 4 bases A, C, G, T.
• Modélisation par des langages générés par des automates stochastiques. Présentation de différents modèles (Crick et Watson, Eigen et Schuster, ...).
• Modèles à base d'homologie et de phylogénie : aspects algorithmiques et applications à l'évolution.
• Problème de l'inversion dans le temps de l'évolution par mutation et son application à la recherche de signaux ou motifs primitifs.