Recherches

      De 1999 à 2003, j'ai travaillé sur la prédiction comparative de gènes (en algorithmique génomique) à l'Institut Pasteur et à l'Université de Marne-la-Vallée. J'y ai soutenu ma thèse de doctorat le 6 Janvier 2003.

• Une liste des approches comparatives publiées à cette époque.
• Le rendu a été apprécié par le responsable de l'archivage :
  • La version pdf du mémoire a été générée avec pdflatex.
  • Les transparents ont été générés avec prosper (style adapté par Laurent Marsan, que je remercie).

Écoles et conférences

      Écoles et conférences auxquelles j'ai assisté :

• Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques, Toulouse, 30 Mai - 1er Juin 2001
• Séminaire algorithmique et biologie Structures et interactions macromoléculaires Paris, 13-15 septembre 2000
• École d'Été de Bioinformatique 2000, Luminy, Juillet 2000
• Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques, Montpellier, 3-5 mai 2000
• École Jeunes Chercheurs 2000, Caen, 27-31 mars 2000
• Séminaire algorithmique et biologie Régulation de l'expression Paris, 13-15 mars 2000
• Séminaire algorithmique et biologie Annotation, concepts et méthodes Paris, 14-16 décembre 1999
• Séminaire algorithmique et biologie Évolution et phylogénie Paris, 27-29 septembre 1999

Publications

Revue internationale

• P. Blayo, P. Rouzé and M.-F. Sagot. Orphan gene finding-An exon assembly approach, Theoretical Computer Science, 290:1407-1431, 2003.

Chapitre de livre

• C. Mathé, T. Schiex, P. Rouzé, P. Blayo and M.-F. Sagot, Gene finding in eukaryotes, in Q. Lu and M. Weiner (eds.), Cloning and expression technologies, Eaton Publishing, pages 27-43, 2002.

Document interne

• P. Blayo, Prédiction comparative de gènes : jeux de données utilisés pour l'évaluation. Rapport interne de Juin 2003.

Implémentation

• Utopia

Voir aussi quelques contributions surtout orientées logiciel libre et mes enseignements..