Thierry Lecroq

Enseignement

Filières

• Master BioInforMatique 1 - Université de Rouen
• Master BioInforMatique 2 - Université de Rouen
• M1 ITA - Université de Rouen
• M2 ITA - Université de Rouen
• IIE : Ingénierie de l'Information Électronique - Université de Rouen

Supports de cours

• Algorithmique du texte
  • Un peu de combinatoire des mots
  • Recherche d'un mot : algorithme de Knuth-Morris-Pratt et ses variantes
  • Recherche d'un mot : algorithme de Boyer-Moore et ses variantes
  • Recherche d'un ensemble fini de mots : algorithme de Aho-Corasick
  • Plus long sous-mot commun à deux mots
  • Recherche approchée : algorithme SHIFT-OR
  • Recherche approchée avec k différences par programmation dynamique
  • Réduction de l'espace mémoire des arbres de suffixes
  • Compression
  • Compression - méthode de Huffman
  • Compression - méthode de Lempel-Ziv-Welsh
• Bioinformatique
  • Méthodes d'alignement de séquences
  • Alignement de séquences avec coût affine sur les brêches
  • FASTA et BLAST
  • ASSIRC
  • Tandem Repeats Finder
• Python et alignements en MB1
  • Introduction à la programmation en Python
  • Alignements de deux séquences
  • Alignements multiples
• Programmation avancée en MB2
  • Récursivité et Types de Données Abstraits
  • Arbres
  • Mots
  • Perl
  • Biolangages
• Langages web en Licence 3
  • XHTML
  • CSS
  • Javascript
  • PHP
• Bases de données
• Indexation automatique de textes et documents
  • distances
  • règles d'association
  • Désuffixation
• Cours d'initiation à la programmation pour le premier semestre de DEUG MIAS et SM
  • Cours
    • format PostScript
    • format PDF
  • Transparents
    • format PostScript
    • format PDF
  • TD
    • format PostScript
    • format PDF