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J'ai obtenu mon doctorat le 8 Avril 2002, à l'Université
de
Marne-la-Vallée. Mes travaux concernent le domaine de la
bio-informatique,
et plus particulièrement le développement d'algorithmes
et
d'outils permettant de mettre en évidence des signaux
particuliers
dans des séquences génomiques.
Vous trouverez plus de détails sur ce sujet dans le manuscrit de thèse .
L'outil que nous avons développé, nommé SMILE,
est
disponible ici.
Publications
Conférences
internationales (comité de lecture)
Revues internationales (comité de lecture)
L. Marsan and M.-F. Sagot.
Algorithms for
extracting structured motifs using a suffix tree with application
to promoter and regulatory site consensus identification
J. of Comput. Biol., 7:345-360, 2000.
A. Vanet, L. Marsan, and M.-F.
Sagot.
Promoter sequences and
algorithmical methods for identifying them.
Research in Microbiology 150: 779-799. 1999.
A. Vanet, L. Marsan, A. Labigne,
and
M.-F. Sagot.
Inferring regulatory elements
from a whole
genome. An analysis of the sigma 80 family of promoter signals.
J. Mol. Biol. 297(2): 335-353, 2000.
D. Arquès, J.-P. Fallot, L. Marsan and C. Michel.
An evolutionary analytical model of a complementary circular
code.
Biosystems 49(2): 83-103, 1999.
A. Vanet, E. Ollivier, L. Marsan and S. Brouillet.
HIV database.
JOBIM'05, Lyon, France, 2005.
S. Brouillet, E. Ollivier, L. Marsan and A. Vanet.
HIV : from structure to
therapeutic target.
JOBIM'05, Lyon, France, 2005.
E. Ollivier , S. Brouillet, L. Marsan and A. Vanet.
HIV : a medicine for one
day, a medicine forever.
JOBIM'05, Lyon, France, 2005.
L. Marsan, S. Brouillet, E. Ollivier and A. Vanet.
HIV :
towards stable multi-therapies.
JOBIM'05, Lyon, France, 2005.
A. Vanet, S. Brouillet, E. Ollivier and L. Marsan (2006).
Nouvelle méthode statistique et résultats bioinformatiques pour l'identification de sites de fixation de médicaments contre les virus à haut taux de mutabilité.
En cours.
A. Vanet, S. Brouillet, L. Marsan and E. Ollivier (2006).
Continuation In Part (CIP) n°13052-US-02 du brevet n° 10/734023 (CNRS, 2006)
Method for identifying motifs and/or combinations of motifs
having a boolean state of predetermined mutation
in a set of sequences and its applications